Paso 4: Scripte für Aufnahme und Bildauswertung
Wie schon gesagt möchte ich hier einige del später einstellen der Mathematica-Scripte, mueren de für die ich Bearbeitung und Auswertung der Aufnahmen entwickelt habe. Mathematica ist ein sehr mächtiges aber vergleichsweise einfach zu programierendes Werkzeug für mathematische Aufgaben (wozu auch Bildverarbeitung gehört) und ist en distribución der Raspian für den kostenfrei frambuesa enthalten.
Mein Augenmerk lag dabei auf einer bestimmten Anwendung, bei der es preparar geht die Anzahl, Größe, Form und Intensität aprox. 30-120 μm kleiner Flecken (manchas) auf einen aprox. 5-6 mm großen runden Membran zu erfassen. Der wissenschaftliche Hintergrund hierfür ist das ELISpot- Verfahren, mit dem hombre P.e. die Stärke der zellulären Immunantwort einer persona oder eines niveles gegen Krankheitserreger oder Impfstoffe messen kann.
Für die Auswertung muss dabei erstmal die auszuwertende región ("región de interés", ROI) möglichst sauber ausgewählt werden. Hierzu ist es nützlich die Aufnahme zunächst auf den relevanten Bereich zu beschneiden.
Dann wird versucht die relevanten Signale en der ROI vom Hintergrund zu unterscheiden. Hierzu wird meist ein Schwellwert (umbral) Verfahren eingesetzt, d.h. es wird ein Intensitätswert definiert der señal und Hintergrund von einander trennt. Hieraus wird eine de dann schwarz-weiße erstellt Maske, en der dado Signale als gotas abgebildet sind. Anhand von Parametern wie Größe und forma wird dann versucht "/Echte" von Störsignalen zu unterscheiden. Durch den Einsatz eines Verfahrens Wasserscheiden (cuenca) kann auch noch versucht werden jene Blobs, die eigentlich aus zwei oder mehr benachbarten Flecken bestehen, en diese Teile zu zerlegen. Zuletzt wird die überarbeitete Maske dann wieder auf die Aufnahme angewendet, die als "/Echte" Signale beurteilten puntos markiert und deren e en Aufnahme der wie destacamos Intensität und Intensitätsverteilung oder Farbe analysiert.
Für solche Aufgaben gibt es zwar auch großartige und sehr mächtige programa wie ImageJ, welches auch auf dem Raspi läuft. Der Arbeitsablauf ist dort aber meist EI komplex und besteht aus mehreren Einzelschritten. Ich hätte aber gerne eine einfach zu bedienende und integrierte Lösung, mit der auch Nicht-Spezialisten arbeiten könnten.
