Paso 3: Fotografiar los vóxeles
La serie de voxel debe ser fotografiadas con un microscopio con un aumento suficiente para mostrar claramente los vóxeles creciente, pero lo suficientemente bajo como para mostrar varios pasos en cada foto, con el suficiente solapamiento entre sucesivas fotografías para identificar donde en la serie cada uno empieza y se detiene.
Si es necesario, se pueden enderezar las fotos utilizando Photoshop, GIMP u otros. Luego use GraphClick para digitalizar las esquinas de la base de cada piñón, comenzando con el lado derecho de la primera rueda, como se muestra arriba. Exportar las coordenadas medidos en un archivo de texto con el mismo nombre base que el archivo de imagen.
Las imágenes y archivos de coordenadas entonces pasan por el bosquejo adjunto de procesamiento (extractFrames.pde) colocándolos en una subcarpeta de "entrada". Extrae las imágenes de lo voxel creciente entre las coordenadas de piñón y guarda cada uno en una subcarpeta de "salida". También he unido mi entradas micrografías y asociados archivos de coordenadas y los marcos de película creados a partir de ellos por el bosquejo.
Probablemente usted necesitará ajustar las variables ancho, alto y Offset para dar cabida a la resolución de sus propias imágenes. El ancho debe ser lo bastante estrecho como para excluir los piñones, y la anchura y la altura deben ser suficientemente grande para contener un voxel completamente expuesto y algunas de las capas de base están creciendo de. La compensación define cuánto de esa base se muestra. El marco dimensiones se ilustran con un rectángulo rojo en la foto de arriba.
También arriba son tres fotogramas representativos a tamaño completo, con sus valores de gris y tiempos de exposición efectiva como se ha señalado.
