Una mezcla desconocida es empujada pasado lo que se denomina la fase estacionaria en un flujo continuo, puede ser un sólido en el caso del TLC, o un líquido como es el caso en muchas formas de GC. La naturaleza exacta de la fase estacionaria no es tan importante, lo importante es que los componentes individuales de la mezcla desconocida interactúan con la fase estacionaria de alguna manera. Los que interactúan más fuertemente y prefieren permanecer asociada con la fase estacionaria y en la solución (o en la fase de gas) se moverán lentamente y retenidos en la corriente. Especies que interaccionan débilmente pasar más rápidamente a través de la corriente. De esta manera los diferentes componentes de la mezcla se pueden separar hacia fuera por la cantidad de tiempo que toma para ellos a fin de eluir : moverse a través de una columna de fase estacionaria.
Una medida de cuán fuertemente o débilmente un compuesto se conserva es el Factor de retención (RF) o Tiempo de retención. En TLC el RF de un compuesto puede utilizarse para identificar de valores tabulados. El factor de retención es la relación entre la distancia recorrida por el compuesto para arriba de la placa frente a la distancia recorrida por el frente del solvente. El RF de un compuesto dado es (relativamente) única ya que depende de la estructura y la química de ese compuesto.
En este instructable voy a describir cómo uno puede preparar sus propias placas de TLC (cromatografía de capa fina) de gel de silicona. En esta forma de cromatografía la fase estacionaria es una capa delgada de silicona, un tipo finamente dividido de dióxido de silicio, depositada en un portaobjetos de vidrio. El analito es "descubierto" en el disco mediante un gotero o micropipeta y la placa entera se coloca en un vaso con una pequeña cantidad de solvente en la parte inferior que el nivel de disolvente es justo encima de la parte inferior de la placa. El solvente se mueve hacia arriba de la placa por acción capilar, tirando el pigmento junto con él. Las diferentes especies químicas en el pigmento interactúan con la sílice de diferentes maneras y esto afecta el grado al que se tiró encima de la placa, que es cómo se efectúa la separación.
Una versión más básica de esta sustituye a una tira de papel resistente en lugar de la placa de TLC, en que caso la celulosa del papel llena el papel de la fase estacionaria en vez de silicona. Cromatografía de papel tiene sus limitaciones, sin embargo, generalmente se hace visible como manchas o mala separación. Por esta razón normalmente se emplea la cromatografía en capa fina. Opera en la misma forma como la cromatografía de papel en lo que a desarrollo, sin embargo la máxima separación es generalmente mejor (entre otras cosas).
